反應的特異性決定因素 ：

①引物與模板DNA特異正確的結合 ；
②堿基配對原則 ；
③Taq DNA聚合酶合成反應的忠實性 ；
④靶基因的特異性與保守性 。
其中引物與模板的正確結合是關鍵 。引物與模板的結合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對原則的 。聚合酶合成反應的忠實性及Taq DNA聚合酶耐高溫性 ，使反應中模板與引物的結合(複性)可以在較高的溫度下進行 ，結合的特異性大大增加 ，被擴增的靶基因片段也就能保持很高的正確度 。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區 ，其特異性程度就更高 。
(2) 靈敏度高
PCR產物的生成量是以指數方式增加的 ，能將皮克(pg=10-12g)量級的起始待測模板擴增到微克(ug=10-6g)水平 。能從100萬個細胞中檢出一個靶細胞 ；在病毒的檢測中 ，PCR的靈敏度可達3個RFU(空斑形成單位) ；在細菌學中zui小檢出率為3個細菌 。
(3) 簡便 、快速
PCR反應用耐高溫的Taq DNA聚合酶 ，一次性地將反應液加好後 ，即在DNA擴增液和水浴鍋上進行變性-退火-延伸反應 ，一般在2～4 小時完成擴增反應 。擴增產物一般用電泳分析 ，不一定要用同位素，無放射性汙染 、易推廣 。
(4) 對標本的純度要求低
不需要分離病毒或細菌及培養細胞 ，DNA 粗製品及總RNA均可作為擴增模板 。可直接用臨床標本如血液 、體腔液 、洗嗽液 、毛發 、細胞 、活PCR技術概論 。

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