可用作ELISA測定的標本非常廣泛 ，體液（如血清） 、分泌物（唾液）和排泄物（如尿液 、大便）等均可作標本以測定其間某種抗體或抗原成份 。有些標本可直接進行測定（如血清 、尿液） ，有些則需經預處理（如大便和某些分泌物） 。大多數ELISA檢查均以血清為標本 。血漿中除尚富含纖維蛋白原和抗凝劑外 ，其他成份均同等於血清 。製備血漿標本需借助於抗凝劑 ，而血清標本隻需待血清自然凝結 、除特別情況外 ，在醫學查驗中均以血清作為檢查標本 。在ELISA中血漿和血清可同等使用 。
血清標本可按常規辦法收集 ，應留意防止溶血 ，紅細胞溶解時會釋放出具有過氧化物酶活性的物質，以HRP為符號的ELISA測定中 ，溶血標本也許會添加非特異性顯色 。
血清標本宜在新鮮時檢查 。如有細菌汙染 ，菌體中也許富含內源性HRP ，也會發作假陽性反應 。如在冰箱中保留過久 ，其間的可發作聚合 ，在間接法ELISA中可使本底加深 。通常說來 ，在5天內測定的血清標本可放置於4℃ ，超越一星期測定的需低溫冰存 。凍住血清融解後 ，蛋白質部分濃縮 ，分布不均 ，應充沛混勻宜輕緩 ，防止氣泡 ，可上下顛倒混和 ，不要在混勻器上強烈振蕩 。混濁或有沉澱的血清標本應先離心或過濾 ，澄清後再檢查 。重複凍融會使抗體效價下跌 ，所以測抗體的血清標本如需保留作多次檢查 ，宜少數分裝冰存 。保留血清自收集時就應留意無菌操作 ，也可參加恰當防腐劑 。

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